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近年來，從80年代至今已經有超過2萬多篇論文闡述益生菌對疾病和健康的影響，研究人員開展了大量觀測腸道微生態菌群的豐度、變化及與疾病的關系的研究。通過觀察疾病人群和健康人群，除腸道疾病外，還發現在許多疾病中存在著腸道菌群的改變，許多常見的慢性疾病如糖尿病、高血壓、心腦血管疾病、抑郁癥等。

絕大多數論文都證明腸道微生態系統對于健康的影響非常大，并肯定了益生菌的治療效果。如JAMA綜合分析了39項臨床試驗（近1萬例患者），發現使用益生菌可降低使用抗生素患者的艱難梭菌感染。

隨著科學的進步，我們會越來越多的發現疾病和菌群之間的關系，我們要像重視保護宏觀生態環境一樣保護我們的腸道微生態。

有關腸道微生態與疾病的研究，近幾年處在爆炸式發展階段，腸道微生態菌群的改變和疾病的關系有了新的突破。比如發現病糖尿病、高血壓、高血脂、肥胖、脂肪肝等都與腸道微生態、腸道菌群和飲食密切相關；部分腫瘤也與飲食的變化引起的腸道微生態菌群的改變密切相關；還有阿爾茨海默癥、抑郁癥、兒童咳嗽變異性哮喘、過敏等都和腸道微生態有關。

基于現在的醫學技術，我們發現尿液、羊水，甚至母親的乳汁里都存在著大量的微生物。微生態就是體內的微生物和人體形成的一個共生系統，微生態平衡時這個共生系統對人體有著巨大的生理作用，而微生態失衡時它對人體疾病的發生和發展有著重要影響。

益生菌發酵過程及生產過程中，很多方法會把黏附因子破壞，很大比例的益生菌不能夠定植了，但是很多益生菌產品，包括藥品，并不一定非要定植才能發揮作用。

教科書中有一個連續再演的概念，就是把益生菌維持在一個較高的水平，那么即使他不在體內定植，也會促進我們體內其他菌群多樣性的增加，促進體內有益菌群增長。

一定條件下，益生菌不在體內定植，也能發揮微生態調整作用，改善微生態失衡狀態。但需要維持一定的豐度和一段較長的時間。

人體微生態系統受到多方面的影響，不同的種群、地域、飲食、環境、年齡等都會讓人體產生不同的微生態環境，菌群結構也有差異。即使是雙胞胎遺傳背景一樣，也可能因為飲食的不同而使菌群結構不同，因此我們需要針對個體進行精準治療。

治療前評價微生態失衡狀況、菌群結構、宿主狀況及環境，根據結果進行微生態調整，選擇菌種、制劑、環境條件及劑量。治療后觀察療效，評價宿主本身的屏障功能、免疫功能、微生物的多樣性改變及菌群是否恢復到原來的平衡。只有這樣才能說明益生菌對機體的有益作用。

正常人每克大便里有1萬億個細菌。健康人群補充市面上買到的益生菌，比如酸奶，每毫升含有不到1億個活菌，這個數量確實對人體影響不大。但是對于菌群紊亂，微生態多樣性下降，有益菌減少，有害菌增加，嚴重微生態失衡的人群，給予他們使用一定數量的益生菌效果就很明顯。

人體就像一片廣袤的原始森林，我們在森林里面再種一些樹木，這些樹木對于整個森林的生態影響很小，但是如果我們把這些樹木種植在荒漠上，植樹造林，那么這些樹木對荒漠的環境影響很大。因此，以健康人群為觀察對象所得的研究結果不能說明益生菌的真實功效。

總之，“益生菌”顧名思義，就是對人體有益的微生物。益生菌廣泛存在于我們的食品中，如酸奶、飲料、配方奶粉、豆制品等，此外還有各種各樣的益生菌制劑。權威專家表示，益生菌的功能及安全性得到權威機構認可及科研成果證實。其已被歐洲食品安全局（EFSA）、美國食品藥品監督管理局（FDA）、中國衛生健康委等權威機構認可為“公認為安全”及可應用于食品的菌種。

Nutra Ingredients表示，“許多研究都支持益生菌對特定適應證有益；使用益生菌還有助于減少醫療支出等。”只有我們正確認識“益生菌”的益處，根據不同的情況，合理且有針對性的應用就能科學地發揮其功效。