家犬的起源和馴化一直是一個爭議不斷的科學問題。2015年 Shannon 等人經過分析大量的家犬群體全基因組 DNA 芯片數據提出了家犬中亞起源的假說（ Shannon LM , et al. 2015. PNAS ）。中國科學院院士、中國科學院昆明動物研究所研究員張亞平研究團隊發現該結論與基于全基因組重測序數據分析的家犬東亞南部起源模式（ Wang GD , et al. 2016. Cell Res ）相沖突。為此，研究人員對 Shannon 等人的工作進行了重新梳理，結果發現 Shannon 等人把尼泊爾和蒙古都劃歸到中亞，與傳統的地理劃分相悖；其次，該工作中并沒有包含中國南方這一家犬可能起源地的群體。通過整合已經發表的中國南方家犬群體的數據，分析結果顯示中國南方的家犬群體擁有最小的連鎖不平衡距離，支持中國南方而不是尼泊爾和蒙古是家犬的起源地。相關工作于近日在線發表于國際刊物 PNAS ，王國棟為第一作者，張亞平為通訊作者。該工作得到了牛津大學教授 Greger Larson 和 Laurent Frantz 博士的幫助。

家犬的線粒體 DNA （ mtDNA ）在分子法醫學研究中日益受到重視。2015年三個研究組分別基于線粒體 DNA 基因組序列構建了家犬 mtDNA 的單倍型類群樹（ Peng MS , et al. 2015. Mol Ecol Resour; Duleba A, et al. 2015. Forensic Sci Int Genet; Fregel R, et al. 2015. Mitochondrion ）。由于采用了不同的參考序列和數據集，三棵單倍型類群樹在世系命名上存在沖突，很可能對后續研究產生干擾。為此，張亞平研究團隊和生命條形碼南方中心開展了合作。研究人員對三棵單倍型類群樹進行了詳盡的比較分析，對存在的世系命名沖突進行了協調。通過整合新發表的線粒體 DNA 基因組數據，研究人員還將 DomeTree 中家犬和灰狼單倍型類群樹進行了更新。相關工作發表于國際法醫學刊物 Forensic Science International: Genetics ，宋嬌嬌（安徽大學聯合培養碩士生）和王文智為共同第一作者，彭旻晟和張亞平為共同通訊作者。

以上工作得到了國家自然科學基金重大研究計劃“微進化過程的多基因作用機制”集成項目、科技部“973”計劃和中國科學院重大突破專項的支持。

 

更多精彩！歡迎關注“科普中國-科技前沿大師談”官方微信（kjqydst）。

 

家犬基因組學研究取得進展

圖文簡介

Shannon 等人經過分析大量的家犬群體全基因組 DNA 芯片數據提出了家犬中亞起源的假說。