鉆石(圖片來源:ilovezuan.com)
什么是晶體
看到漂亮的鉆石,我相信每個人都有擁有它的想法,特別是男同胞們,在對自己心愛的女子求婚的時候,特別希望有一顆大大的鉆石,戴在對方的手上,以表示自己的愛。其實鉆石就是晶體。晶體在我們生活中隨處可見,水凝固后形成的冰,一粒食用鹽,甚至是我們炒菜用的鍋(金屬),這些都是晶體。
那怎樣的物質(zhì)才叫做晶體呢?
我們都知道,大部分物質(zhì)都是由原子構(gòu)成的,晶體就是原子按照一定的規(guī)則有序排列而成。打個比方,我們在學生時代都會站隊形,每一個人都相當于是一個原子,老師要求我們前后左右對齊有序排列,那么看起來就是整整齊齊的,這就是一塊漂亮的晶體;如果有些同學站得完全不規(guī)律,那就從整體看起來不規(guī)則了,這就不是一塊晶體了。每塊晶體都有一個最小的重復單元,比如這里的一個人,就是一個最小的重復單元。
晶體的用途
研究我們的晶體有什么用呢?因為它給我們的生活帶來了很多便利。晶體的作用在我們的生活中是處處可見的。比如我們煤氣灶上的打火機,當我們按一下大火按鈕,打火機上的壓電陶瓷就產(chǎn)生比較高的電壓,形成活火花而點燃煤氣。其中的壓電陶瓷就是晶體。我們的液晶電視,中的液晶也是一種晶體。早在中國古代,人們就結(jié)晶糖和鹽。
我們研究晶體就是為了更好的為我們服務(wù),當然不同種類的晶體用途也不一樣,為了尋找具有特定用途的晶體,我們就需要研究每種晶體的性質(zhì)。
如何解析晶體的結(jié)構(gòu)
要回答上述問題,我們首先得感謝倫琴先生,他發(fā)現(xiàn)的X射線能夠幫助我們回答這個問題。要知道,原子是很小的,我們用肉眼是無法看到的,但是,用X射線卻能“看到”!
提出用X射線來“看”晶體結(jié)構(gòu)的是勞厄先生,但是第一個用X射線來解析晶體結(jié)構(gòu)的卻是布拉格先生。布拉格第一次用X射線衍射解析了金剛石和氯化鈉結(jié)構(gòu),因此布拉格父子獲得了1915年的諾貝爾獎,并創(chuàng)立了一個新的學科——X射線晶體結(jié)構(gòu)分析。
當我們的X射線照射到我們的晶體,入射光被散射,出射光光程差等于波長的整數(shù)倍時,晶面的散射將加強,此時滿足布拉格方程,我們就會看到一個一個比較強的出射光。當然這個只是知道了哪個晶面在哪個角度會有一個峰,而這個峰的強度信息卻沒有。此外,人們更關(guān)心的是晶體電荷密度和性質(zhì)的關(guān)系,那么衍射的峰強和位置是否能夠聯(lián)系起來呢?
答案是肯定的,傅里葉變換給了我們這種可能。
因為晶體是由一個一個原胞周期排列而成,所以電荷密度也是一個周期函數(shù),當我們講電荷密度做傅里葉變換后,我們既可以得到角度的位置,也可以得到角度的光的強度。因此,只要得到了角度位置和峰強,做個反傅里葉變換就應(yīng)該得到我們的電荷密度了。
然而在實驗上,我們卻會丟失相位信息。要知道,相位在圖像中是很重要的,可以看看圖四的例子,當我們將貓和老虎的相位交換以后,貓也能變成老虎。在我們解晶體結(jié)構(gòu)中相位同樣重要。所以現(xiàn)在的首要任務(wù)就是如何去解決丟失的相位問題。
布拉格解析的金剛石晶體結(jié)構(gòu)(圖片來源:oup.com)
X射線衍射圖(圖片來源:維基百科)
交換兩幅圖片的相位
實驗中相位的丟失不是沒有解決辦法的,比如Patterson方法,直接法等等,這些方法在這里就不做過多的闡述。在這里,我們就可以請出我們的主角Shelx了。
Shelx就是實現(xiàn)這些方法的一個程序,有了這個程序,解析晶體就變得容易多了。所以解晶體結(jié)構(gòu)的步驟一般就是,收集衍射數(shù)據(jù),把數(shù)據(jù)交給軟件解析,最后得到晶體結(jié)構(gòu),過程如圖:
解金屬Ge晶體結(jié)構(gòu)大致過程(圖片來源:專業(yè)課件)
在沒有Shelx之前,雖然有一些程序也是處理晶體結(jié)構(gòu)的程序,但是用起來都十分費勁,解一個結(jié)構(gòu)時常要浪費大把時間。但是George M. Sheldrick把直接法和Patterson方法程序化以后,我們就能更容易地得到晶體的微觀結(jié)構(gòu),知道原子是如何周期排列的。這對我們研究晶體的性質(zhì)是至關(guān)重要的。
舉個簡單的例子,我們知道石墨和金剛石都是由C元素組成的,同樣都是由C元素組成,石墨很軟,金剛石很硬,這是由于他們在微觀上排布是不一樣的,這就導致了他們有不同的性質(zhì)。因此,知道一個晶體中原子的排列順序是對理解晶體的性質(zhì)是很重要的。
石墨和金剛石的結(jié)構(gòu)(圖片來源:ckcest.cn)
第一個shelx程序出現(xiàn)在1970年,安裝在劍橋大學的ICLTitan 計算機上。從開發(fā)以來,得到了廣大的科研工作者支持,也為學者們解決了很多的問題。據(jù)統(tǒng)計,shelx軟件的引用量已經(jīng)接近7萬。當然現(xiàn)在解晶體結(jié)構(gòu)的軟件已經(jīng)不限于shelx了,一大批如Fullprof優(yōu)秀的軟件逐漸出現(xiàn)在科研工作者視線里。
總結(jié)
現(xiàn)在的很多研究都是基于晶體的,因此對晶體結(jié)構(gòu)的解析顯得就格外重要。現(xiàn)在熱門的領(lǐng)域,如鋰離子電池、高溫超導,首先就是要知道樣品的晶體結(jié)構(gòu),有了晶體結(jié)構(gòu)我們才能進一步研究材料的性質(zhì)。
雖然Shelx不是第一個解晶體的軟件,不過它的出現(xiàn),加快了科研工作者解晶體結(jié)構(gòu)的速度,目前還是有大批科研工作者在使用。
總的來說,晶體學對我們的生活是很重要的,Shelx程序給科研工作者研究晶體性質(zhì)帶來了很多便利,甚至間接也給我們帶來了更美好的生活。
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[5] https://blog.oup.com/2013/08/100th-anniversary-first-crystal-structure-determinations-bragg/
為了研究這些,科學家開發(fā)神奇程序
圖文簡介
摘要:Patterson方法,直接法等是實驗中相位的丟失的解決辦法,而Shelx就是實現(xiàn)這些方法的一個程序,有了這個程序,解析晶體就變得容易多了。所以解晶體結(jié)構(gòu)的步驟一般就是,收集衍射數(shù)據(jù),把數(shù)據(jù)交給軟件解析,最后得到晶體結(jié)構(gòu)。第一個shelx程序出現(xiàn)在1970年,安裝在劍橋大學的ICLTitan 計算機上。從開發(fā)以來,得到了廣大的科研工作者支持,也為學者們解決了很多的問題。
- 來源: 科普融合創(chuàng)作與傳播
- 上傳時間:2019-02-21