在非小細胞肺癌（NSCLC）治療領域，ALK融合基因被視為“鉆石突變”，攜帶該突變的患者使用ALK抑制劑后，腫瘤往往能得到有效控制。但臨床實踐中，相同ALK陽性患者的治療效果差異顯著。近年來，醫學界嘗試通過基因測序中的“變異等位基因頻率”（VAF）來預測療效，認為VAF越高意味著靶向藥效果越好。然而，我國研究團隊的最新成果卻揭示：基于雜交捕獲的二代測序（NGS）測定的ALK VAF值，可能無法可靠評估療效，相關研究發表于《Frontiers of Medicine》。

“黃金靶點”的困惑：為何同是ALK陽性，療效差這么多？

ALK融合基因在NSCLC中的發生率約為5%，就像給腫瘤貼上了“靶向藥敏感”的標簽。目前，克唑替尼、阿來替尼等多款ALK抑制劑已成為臨床標準治療方案，顯著延長了患者生存期。但醫生們發現一個棘手問題：即使同為ALK陽性，有些患者用藥后腫瘤迅速縮小，藥效持續兩年以上；而另一些患者用藥幾個月就出現耐藥，腫瘤卷土重來。

腫瘤內異質性（ITH）被認為是耐藥的“元兇”之一——腫瘤中存在不同基因突變的細胞亞群，就像一支“混合部隊”，當靶向藥消滅了敏感細胞，耐藥細胞便趁機增殖。理論上，VAF值（即攜帶ALK融合基因的腫瘤細胞占比）越高，說明“敏感部隊”占比越大，靶向藥效果應該越好。此前，KRAS、EGFR等基因突變的VAF值已被嘗試用于預測療效，但ALK融合是基因重排而非單點突變，其VAF值的可靠性一直缺乏驗證。

4548例患者大數據：VAF值與療效“脫鉤”

為解開這個疑問，研究團隊對4548例NSCLC患者進行NGS檢測，發現7.2%（326例）為ALK陽性。他們重點分析了接受一線克唑替尼治療的85例患者，通過腫瘤純度校正VAF值（得到adjVAF），并設置了4個閾值（<50%、40%、30%、20%）來劃分ALK融合基因的“克隆性”（即突變細胞占比）。

結果出人意料：無論采用哪個閾值，adjVAF高低與患者的中位無進展生存期（PFS）均無統計學關聯。例如，adjVAF≥50%的患者中位PFS為13個月，而<50%的患者為10個月，兩組差異并不顯著（P=0.103）。進一步分析顯示，adjVAF與PFS的相關性極弱（相關系數r=-0.094），說明VAF值根本無法有效預測克唑替尼的療效。

VAF值“不靠譜”的三大技術短板

為什么在ALK融合基因中，VAF值會“失靈”？研究團隊找到了關鍵原因：

1. 檢測平臺“各說各話”：同一患者的樣本在不同NGS平臺（檢測基因Panel不同）中，VAF值差異顯著（P=0.020）。雜交捕獲法依賴探針與基因序列結合，而ALK融合基因的斷裂點復雜多樣，就像“拼圖缺了角”，容易出現“脫靶捕獲”，導致VAF值失真。

2. 與其他檢測方法“對不上賬”：對比熒光原位雜交（FISH）和免疫組化（IHC）結果發現，VAF值與FISH的“斷裂信號比例”、IHC的“陽性細胞比例”均無相關性（r=0.228、0.190，P均>0.05）。比如，IHC顯示100%腫瘤細胞ALK陽性的樣本，NGS測出的VAF值可能僅為20%，如同“數錯了人數”。

3. ALK融合異質性本身罕見：IHC檢測發現，僅2.3%的ALK陽性病例存在“異質性染色”（部分腫瘤細胞陽性、部分陰性）。這說明ALK融合通常是“克隆性事件”（存在于絕大多數腫瘤細胞中），理論上VAF值應接近50%（假設單等位基因融合），但實際檢測中VAF中位數僅19.6%，進一步證明技術誤差主導了VAF結果。

臨床啟示：多方法聯合檢測更穩妥

研究同時發現，在ALK-IHC異質性染色的罕見病例中，部分患者同時存在EGFR突變、ROS1融合等其他驅動基因。這類“共突變”可能是靶向藥耐藥的隱形推手。因此，研究團隊建議：對于ALK檢測結果矛盾（如NGS陽性而IHC陰性）或IHC顯示異質性的病例，需結合RNA測序等多種方法驗證，并排查其他驅動基因。

目前，ALK靶向治療的療效預測仍需依靠臨床特征和基因融合類型（如EML4-ALK變體）。該研究提示，單純依靠VAF值指導治療決策可能“跑偏”，未來需要探索更穩定的生物學標志物。

來源: 醫學前沿FrontMed