自 2004 年開源發布以來，LAMMPS 在材料建模領域得到了廣泛應用，其全稱為 Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator，由美國 Sandia 國家實驗室開發。

LAMMPS 可用于固態材料（金屬、半導體）和生物分子、聚合物等多種材料的建模，能夠為不同材料提供多種粒子相互作用模型

更重要的是，LAMMPS 既可在單個處理器上運行，也可使用消息傳遞技術和模擬域的空間分解技術并行運行。其代碼設計易于修改或擴展新功能，許多模型都有在 CPU、GPU 和 Intel Xeon Phis 上提供加速性能的版本。

截至 2022 年，已有數百人為 LAMMPS 貢獻了新的功能，其代碼行數也從 2004 年的 5 萬行增長到了 2022 年的 100 萬行。

為了方便大家體驗這個經典的分子動力學模擬軟件，HyperAI超神經官網的教程板塊現已上線了「LAMMPS 入門教程：npt 控溫估計 FCC Cu 熔點」，使用 CPU 版本的 LAMMPS 即可運行。

效果示例：


通過本教程的學習，您將能夠：

* 理解 npt 控溫操作流程

* 使用 dump 和 fix 指令將數據預處理
Demo 運行
啟動容器

1. 登錄 hyper.ai，在「教程」頁面，選擇「LAMMPS 入門教程：npt 控溫估計 FCC Cu 熔點」，點擊「在線運行此教程」。

2. 頁面跳轉后，點擊右上角「克隆」，將該教程克隆至自己的容器中。

3. 選擇「NVIDIA RTX 4090」算力，按照自己需求選擇「按量付費」或「包日/周/月」，鏡像選擇「lammps」，最后點擊「繼續執行」。

4. 等待模型分配好資源，狀態變為「運行中」后，點擊「打開工作空間」。

運行步驟
1. 進入到「工作空間」后，可以看到已經準備好的「melt_u3.zip」壓縮包，該包內含已經輸入好的相關命令，如系統定義、讀取銅結構、使用銅的 eam 勢函數等。

2. 打開「終端」，輸入「cd melt_u3」進入解壓目錄，使用「ls」命令查看文件。

3. 輸入「mpirun -np 2 lmp < melt.in | tee out」，運行 lammps ，整個過程大約需要 5-10 分鐘。

運行完畢后可在文件夾中得到「t_v.txt」等輸出文件，其中溫度體積數據都輸入到了「t_v.txt」文件中，后面我們需要通過畫圖工具將數據可視化。

數據處理

1. 等待模型運行完成后，輸入「apt-get update --fix-missing」更新 apt 源，更新好之后輸入「apt install gnuplot」安裝 gnuplot（畫圖工具），并輸入「y」回車確認。

2. 用剛安裝好的畫圖工具將數據可視化。

運行腳本已經寫好，直接運行命令「gnuplot p.plt」可得到 t-v 圖即溫度體積階躍曲線圖，可以看到階躍點、也就是熔點為 1600k。

3. 然后將其原子軌跡文件「md.lammpstrj」下載到本地。

4. 將下載的文件放入 OVITO 中打開，點擊播放即可看到銅溶解過程中每個銅原子的運行軌跡。

我們建立了「Stable Diffusion 教程交流群」，歡迎小伙伴們入群探討各類技術問題、分享應用效果~

添加神經星星微信（微信號：Hyperai01），備注「SD 教程交流群」，即可加入群聊。

來源: HyperAI超神經