在植物基因組中,除了那些我們熟悉的控制開花時間、抗病能力和產量的“常規基因”,還有一類特別的“跳躍基因”——轉座子。它們就像基因組里的“唱跳練習生”,隨時可能換個位置,閃亮登場。轉座子有時悄悄“插隊”到某個基因附近,改變基因的表達節奏;有時又“搬家”到新的位置,帶來全新的表觀遺傳變化。科學家曾經認為它們只是無關緊要的“雜音”,但事實證明,它們卻頻頻在植物進化舞臺上“C 位出道”。

從“瘋狂”到諾貝爾獎——轉座子是如何被發現的?

轉座子的“唱跳”天賦并不是最近才被發現的。早在1951年,美國女科學家芭芭拉·麥克林托克(Barbara McClintock)就在冷泉港研討會上首次提出了基因“跳躍”的理論。當時,她在研究玉米籽粒顏色的遺傳規律時,發現某些基因的位置居然會在不同世代之間“變來變去”,就像會自己挪動的拼圖塊。她注意到,這種跳動與籽粒上出現的斑點花紋有直接關系——有的籽粒顏色深淺不一,就是因為轉座子插入或離開了與色素合成相關的基因。

這一發現顛覆了當時“基因位置固定不變”的主流觀點,但在那個年代,她的理論并未立刻被廣泛接受,甚至有人覺得她的想法“太瘋狂”。直到數十年后,分子生物學的進步才讓科學界證實了她的預言。1993 年,麥克林托克因“發現可移動的遺傳元件”獲得諾貝爾生理學或醫學獎,成為這一領域最閃亮的“星探”和伯樂。

“減益”與“加成”——轉座子的雙面特性

轉座子的“跳躍”有時像給植物加了debuff(敏感性增加),可能削弱植物在某些環境中的競爭力;有時則像觸發了 buff(抗寒、抗旱),幫助它們在惡劣環境中穩定生長。

具體來說,前人研究中發現,番茄slDCL2a基因中一個罕見的MuDR轉座子插入,導致slDCL2a基因表達顯著下降,使攜帶MuDR插入的等位基因的植物更易感染RNA病毒,從而使其更易感染晚疫病。另外,番茄中還發現一個COPIA轉座子插入Ph-3基因的外顯子區域,導致Ph-3基因(抗疫霉菌)轉錄本截短、表達量降低,這種變化可能增加植物對疫霉菌的敏感性。

除了負面影響,轉座子也能帶來積極的變化。近期研究人員通過全基因組圖譜構建和重測序數據分析,在模式植物水稻中發現了超過 3 萬個轉座子插入多態性(TIP)位點,并利用轉座子插入多態性全基因組關聯分析方法鎖定 OsCACT 等新的耐冷候選基因。功能驗證結果表明,這些基因顯著提升了水稻在低溫環境下的存活率。這項成果不僅為水稻培育提供了新的靶點,也凸顯了轉座子在適應性進化中作為“幕后推手”的角色——它們猶如為植物悄悄設計的一件“防寒外套”。

正是這種“正負雙刃劍”的特性,使得轉座子成為推動植物適應性進化的重要變量——它們既可能帶來突破性的生存優勢,也可能制造不利因素,從而在自然選擇的篩選下,塑造出更適應環境的植物群體。

適應性進化:從“隨機跳躍”到“生存智慧”

轉座子的跳躍本質上是一種隨機變化,但在長期環境篩選下,有利的跳躍會被保留下來,不利的則被淘汰。比如,長末端重復序列(LTR)逆轉座子插入BnSHP1.A9的啟動子區域,通過DNA甲基化表觀遺傳沉默BnSHP1.A9的表達,從而增強了油菜的豆莢抗裂性。hAT、MITE和LINE轉座子的插入還與油菜開花時間變化相關。例如,BnaA10.FLC基因第一個外顯子中插入的LINE導致功能喪失,春型油菜(SOR)春化需求減弱或不需春化;MITE插入啟動子區增強BnaA10.FLC表達,使冬型油菜(WOR)需較強春化;而hAT插入使半冬型油菜(SWOR)的春化需求介于兩者之間。

轉座子通過引入新的基因調控機制,改變基因表達的時空模式,賦予植物更強的環境適應能力。這些基因組中的“偶然改造”,就像植物的“生存手冊”,歷代積累,形成豐富的遺傳智慧。植物不僅被動適應環境,更像擁有一套靈活的“基因工具箱”,能在環境變化時迅速調整自身生理狀態。

因此,適應性進化不僅是隨機突變的緩慢積累,更包含了轉座子等能夠“自我改造”的動態過程,是自然選擇與基因組靈活性共同作用的結果。正是這份“生存智慧”,成就了植物的多樣性與廣泛適應性。

轉座子與農業科技的結合

隨著基因組學、轉錄組學、表觀遺傳學以及單細胞測序的發展,我們現在不僅能追蹤轉座子的歷史“足跡”,還能實時觀察它們在不同環境下的“活動軌跡”。更令人期待的是,科學家們正嘗試將轉座子“馴化”為可控的育種工具。

研究人員整理了多態性轉座子信息數據庫,供全球科研人員在線查詢和利用,作為分子標記輔助選育更優質品種。未來,借助基因編輯等技術,或可在特定環境下精準激活這些轉座子,使作物“快速升級”,更好應對干旱、高鹽、病害等脅迫。

在全球氣候變化的大背景下,轉座子作為基因組中具有高變異性和調控潛力的重要因子,有望成為保障糧食安全的關鍵力量。我們不再被動等待自然選擇的緩慢篩選,而是可以主動調控這些轉座子,為現代農業生產“排兵布陣”,實現更加精準高效的作物改良。

參考文獻:

[1] B. McClintock. The origin and behavior of mutable loci in maize, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 36 , 344-355 (1950). https://doi.org/10.1073/pnas.36.6.344

[2] Domínguez, M., Dugas, E., Benchouaia, M. et al. The impact of transposable elements on tomato diversity. Nat Commun 11, 4058 (2020). https://doi.org/10.1038/s41467-020-17874-2

[3] YQ Qian, ZW Zhou, OY Tianmin, et al. Pangenome analysis of transposable element insertion polymorphisms reveals features underlying cold tolerance in rice. Nat Commun (2025).

[4] J Liu, RJ Zhou, WX Wang, et al. A copia-like retrotransposon insertion in the upstream region of the SHATTERPROOF1 gene, BnSHP1.A9, is associated with quantitative variation in pod shattering resistance in oilseed rape. J. Exp. Bot. 71, 5402–5413 (2020). https://doi.org/10.1093/jxb/eraa281

[5] Song, JM., Guan, Z., Hu, J. et al. Eight high-quality genomes reveal pan-genome architecture and ecotype differentiation of Brassica napus. Nat. Plants 6, 34–45 (2020). https://doi.org/10.1038/s41477-019-0577-7

[6] Z Liu, TZ Wang, L Wang, et al. RTRIP: a comprehensive profile of transposon insertion polymorphisms in rice. Plant Biotechnol. J. 18, 2379-2381 (2020). https://doi.org/10.1111/pbi.13425

策劃:謝蕓

作者:宋佳明 西南大學研究員、博士生導師

審核專家:陳玲玲 崖州灣國家實驗室教授、博士生導師

來源: 大國糧策

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